Avança o sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar no país
O sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar já está em andamento no Brasil. Na USP - Universidade de São Paulo - um grupo de cientistas vinculados ao BIOEN - Programa Fapesp de Pesquisa em Bioenergia - realizou a primeira corrida em um pirossequenciador, uma tecnologia de última geração empregada para o sequenciamento genético, obtendo 1,1 milhão de sequências. A segunda corrida terá início na próxima semana.
Como a quantidade de informação gerada a partir da nova tecnologia é muito grande e de alta complexidade, o BIOEN está ampliando a equipe de bioinformática e busca pessoal para a pesquisa em banco de dados, desenvolvimento de ferramentas e análises estatísticas.
Segundo a coordenadora do BIOEN, Glaucia Mendes de Souza, professora do Instituto de Química da USP, o resultado da primeira corrida equivale a mais de 11 vezes o trabalho realizado durante dois anos pelo Projeto Sucest-FUN, também conhecido como Projeto Genoma Cana.
O pirossequenciador está instalado no Centro Avançado de Tecnologias em Genômica do Instituto. “Obtivemos, em uma única corrida, cerca de 335 milhões de pares de bases. O sequenciamento realizado pelo Sucest entre 2001 e 2003 gerou pouco menos de 30 milhões de pares de bases”, disse Glaucia.
O pirossequenciador 454, da Roche, utilizado no experimento, foi adquirido com recursos da Finep - Financiadora de Estudos e Projetos - com um custo de US$ 500 mil. A Fapesp financiou cem corridas – os reagentes do sequenciamento em si – com US$ 1 milhão. Os demais custos do projeto somam US$ 4 milhões.
Segundo a coordenadora do BIOEN, o objetivo do experimento é identificar as regiões promotoras e variantes que controlam as expressões gênicas e reconhecer padrões de diversidade genética para apoiar os programas de melhoramento da cana-de-açúcar. A tecnologia utilizada no pirossequenciador, conhecida como shotgun, foi empregada no sequenciamento do genoma humano. Com ela, o genoma não é clonado, mas “explodido” em fragmentos pequenos e sequenciado em larga escala.